Математик (търси се)

[emanuilis]

Здравейте колеги!

Смятам, че точно тук е мястото да намеря съмишленици по долоизложения въпрос:

В момента разработвам научен проект който би допринесъл за лечение на злокачествените туморни заболявания. За целта ще направим ДНК-типизиране на 8 болни с определен, хистологично доказан, злокачествен тумор на нервната система. От анализа на тумора ще излязат редица генетични нарушения. Необходимо е систематизиране на резултатите и изчисляване на вероятната тежест на мутациите. Понеже не съм математик, а вероятно ще се наложи обективизиране с подобен метод (слабо познат на мен самия) ми е необходима консултация. Някой от вас би ли се ангажирал с такава?

В резюме - ще има дестетки мутации във всяка туморна проба (от всеки болен); ще се изследват 8 болни; необходим е метод засичащ (обобщаващ) отделните мутации между всички болни и изчисляващ вероятната честота на мутацията при всеки следващ пациент в бъдеще; възможно (най-вероятно) е да се касае за определена комбинация от мутации, т.е. нещата да се по-комплексни и да се търси и очаква подобна комбинация в бъдещите пациенти (като % вероятност).

Целта ни е да определим отношението на мутациите към клиничното протичане на заболяването при различните болни с една и съща хистологична диагноза, да се помогне за разбирането и по-адекватното лечение на заболяването в бъдеще време.

Попаднах на статия в чуждо списание която загатва подобен метод, но колегите пазят нещата ,,от кухнята" в тайна...

В случая е необходима колаборация между медицина и математика, оригинален подход. Един от основните проблеми на съвременната наука е обединяването между на пръв поглед различните й сфери

Очаквам мненията и препоръките ви

Благодаря ви предварително

[Pursie]

До: Математик

Според мен по-скоро ти трябва добър статистик. Уви прекалено съм натоварен с основната си работа иначе с удоволствие бих ти помогнал.
По мое време във факултета можеше да се намерят студенти, които биха го направили като курсова работа. Но това беше преди доста години и не знам сега как е ситуацията.
Факултета= Факултет по математика и информатика на СУ.

[Стефан]

До: Математик

Уф. Айде първо преместете темата в някой читав раздел, че нямам желание да бъркам по кофите за буклук.
Статистиката стига само за началната обработка на данните. Корелационния анализ обаче трябва да е на базата на някой модел. Съществува ли изобщо някакъв в тая тема? Или ще се търси аналог, и корекцията му?
Има ли вече готови данни? Интересен е характерът им. Многокритериалните анализи са известна, но не толкова проста работа. Ако се ориентирам малко, може да се намери с кого да поговоря. Как точно и какво, е следващ въпрос.

[emanuilis]

До: Математик

Уф. Айде първо преместете темата в някой читав раздел, че нямам желание да бъркам по кофите за буклук.
Статистиката стига само за началната обработка на данните. Корелационния анализ обаче трябва да е на базата на някой модел. Съществува ли изобщо някакъв в тая тема? Или ще се търси аналог, и корекцията му?
Има ли вече готови данни? Интересен е характерът им. Многокритериалните анализи са известна, но не толкова проста работа. Ако се ориентирам малко, може да се намери с кого да поговоря. Как точно и какво, е следващ въпрос.

Като лаик смятам, че точно за това става дума
Предполагам, че е нещо което се прави индивидуално според случая: задават се параметри, търсят се отношения - конкретно Определено съзнавам, че не е проста работа и не става за кратко време. Предполагам е необходим разговор между специалисти - медик - математик, в търсене на точния вариант. Необходим ми е математик (статистик?). Представям си го като програмен продукт в който се въвеждат параметри и извежда резултат (например очаквана преживяемост при болен с еди какви си мутации). Продукт, който да се обогатява и допълва (коригира самостоятелно) в динамика (самообучаващ се, на база на всеки нововъведен пациент). Вероятно не използвам точните понятия - личи си каква ми е специалността Затова се обръщам към специалистите, които биха прозряли в хаотичните ми писания математическата логика и модел....

[Yordan]

До: Математик (търси се)

Положението премина към ситуация Сега вече не ти трябва само статистик, ами и програмист. За да ти състави една... как се казва ?... невронна мрежа ? Летвата бая подскочи

[grgeorgiev]

До: Математик (търси се)

Темата ми се вижда доста интересна. Аз се занимавам с вероятностни анализи, но насочени главно към сложни системи от машини. Струва ми се, че е възможно да използваме някои от подходите, с които работя, за твоя случай. Виждам, че си от София, така че предлагам да се видим на по бира и да обсъдим с какво мога да ти помогна. Пусни ЛС да се разберем, ако искаш.

[prascho]

До: Математик (търси се)

Имам един бивш преподавател, който се занимава с тези неща и би се заинтересувал много, включително и да го зададе като курсова, а защо не и направо като дипломна работа. Ще се опитам да издиря някакви координати и ако успея ще ти ги пратя на ЛС.

[Стефан]

До: Математик (търси се)

Това дето искаш си е чисто дисертабелна задача, остави самообучаващите се програми) Дай да видим как да формулираме задачата, после ще и мислим входа/изхода, последна грижа.
Като решите кога и къде - обадете се.

[emanuilis]

До: Математик (търси се)

Изработването на ДНК пробите и събирането на клиничните данни е част от моята дисертация. Това което дискутираме тук ми дойде просто като допълнителна идея. Идея за една по-голяма крачка в насока да има практическа полза от всичко - нещо за самите болни в момента, а не след 20-30 г.

Защото сега какво става - клиничните лекари констатират (симптоми, утвърдено лечение, преживяемост); лабораторните лекари констатират (генетични аномалии - n на брой, без ясно отношение към практиката на клиницистите); математици, статистици и програмисти знаят за силата на точните науки (всичко в природата може да се опише с уравнение едва ли не), но им липсват конкретни предложения за реализация на биологично ниво... и така 4х4-наука, но всяко колело си боксува без да мърда машината напред.

Та ако може да съгласуваме движението би се получил един по-голям отскок смятам аз...

[Volk]

До: Математик (търси се)

За мен е чест, че у нас все още има такива хора, а още повече че сме в един форум!
Поздравявам ви и приемете моите уважения!

[yossarian]

До: Математик (търси се)

Корелационния анализ, по-горе за съжаление грешно са писали, както показва името определя корелациите и на тяхна база се търси модела! Определено има голям брой модели разработени точно за класифициране на ДНК, а също и за диагностични цели. Най-общо казано трябва ти клъстерен анализ. На първо четене се сещам за ДНК филогенетичен анализ. Преди време ползвах кода PHYDIT. Обаче 8 пациента като статистика за дисертация са безнадеждно малко. Но кажи от къде си, с кого правиш дисертацията и евентуално мога да те насоча към хора които се занимават с това. Може и на лични.

[grgeorgiev]

До: Математик (търси се)

На мен ми допада идеята да направим дискусията публична. Така ще има по-голямо разнообразие на идеи. Остава риска от разводняване, но може поне да се опита.
Аз ще се опитам да хвърля един малко по-абстрактен поглед върху задачата, а ако греша в някои от фактите, ще ги уточняваме.
Значи, имаме наблюдение на N случая (за сега). При всички от тях се наблюдава диагнозата Y. Изследваме множество X от фактори, за които допускаме, че влияят върху стойността на Y. Най-общо представяме Y като функция на X.
Y=f(X1,X2,...Xn)
Допускам, че елементите на X са краен брой (поне по отношение на конкретната задача).
До колкото разбирам както Y, така и всеки член на множеството X са дискретни - или ги им , или ги няма в конкретния наблюдаван случай.

Правилно ли е това предположение или диагнозата и мутациите (X1...Xn) се измерват по някакъв начин количествено?
Въпрос номер 2 е дали могат да се включат допълнителни наблюдавани случаи, при които мутациите (Х1 ...Xn) се наблюдават в някаква комбинация, но в резултат не настъпва Y, т.е. няма такава диагноза?

Ако решим , че X и Y са дискретни , може да се ползва булева алгебра и да се редуцира множеството на възможните комбинации.

Това са ми идеите като за начало...

[emanuilis]

До: Математик (търси се)

Значи, имаме наблюдение на N случая (за сега). При всички от тях се наблюдава диагнозата Y. Изследваме множество X от фактори, за които допускаме, че влияят върху стойността на Y. Най-общо представяме Y като функция на X.
Y=f(X1,X2,...Xn)
Допускам, че елементите на X са краен брой (поне по отношение на конкретната задача).
До колкото разбирам както Y, така и всеки член на множеството X са дискретни - или ги им , или ги няма в конкретния наблюдаван случай.

Правилно ли е това предположение или диагнозата и мутациите (X1...Xn) се измерват по някакъв начин количествено?
Въпрос номер 2 е дали могат да се включат допълнителни наблюдавани случаи, при които мутациите (Х1 ...Xn) се наблюдават в някаква комбинация, но в резултат не настъпва Y, т.е. няма такава диагноза?

Ако решим , че X и Y са дискретни , може да се ползва булева алгебра и да се редуцира множеството на възможните комбинации.

Това са ми идеите като за начало...

Така... аз доста от нещата не ги разбрах Но ако все пак правилно съм разбрал:
- случаите са 8... за момента. Могат да станат стотици в бъдеще.
- диагнозата е винаги една и съща - просто може да отпадне като неизвестна.
- факторите Х са наистина десетки или стотици - мутационния ДНК анализ ще покаже.
- друга вариабилна характеристика на N-овете е тяхната възраст и общо състояние (скала за ежедневна активност по Карновски, в %).
- други вариабилни характеристики - обем на туморната резекция при всеки N (оперативна радикалност), вид проведена лъчетерапия, вид проведена химиотерапия, време свободно от симптоми на заболяването след свършване на терапевтичния курс, цялостна преживяемост.

Идеята е да се види при какви Х-варианти (единични мутации или комбинации) каква е тежестта на останалите променливи (обем на туморната резекция, вид проведена лъчетерапия, вид проведена химиотерапия) върху двата основни (също резултатно променливи обаче) компонента - време свободно от симптоми на заболяването, и преживяемост.

Т.е. да се види например при еди каква си комбинация от Х-ове какви обеми резекция и следоперативна лъче- и химиотерапия са подходящи, каква продължителност на живота се очаква и пр.

Да се направи нещо като ДНК-паспорт на тумора с който да се знае предварително какво оптимално лечение може да се проведе. По този начин е възможно да не се пилее излишен ресурс по неефективни, скъпи лечения.

За момента терапевтичните курсове са абсолютно еднакви за всички. На този фон някои болни реагират чудесно, а други въобще не реагират. Логично е да се заподозре налична хетерогенност при една и съща диагноза

Ще се опитаме да докажем, че тази хетерогенност се дължи на ДНК-различия. В бъдеще време може да се определи кои точно мутации, или комбинация от мутации, имат най-решаващо значение, ще може да се приложи и генна терапия за тяхното коригиране.

Нашата задача е да преминем от частното към общото. Постепенно, стъпка по стъпка...

Поне в медицината много трудно се стига до общото, до абсолютното...

[grgeorgiev]

До: Математик (търси се)

Така картинката започва да се изяснява малко по малко.
Сега да ги караме едно по едно. Y не е неизвестна. Аз предположих, че може да има две стойности, например успешна и неуспешна по отношение на терапията. Обаче, не е задължително да е дискретна т.е. да има краен брой стойности. Може да измерваш с Y продължителността на живота. Но все пак трябва преди да започнеш със събирането на данните да имаш идея как ще се дефинира резултата от влиянието на факторите и как може да се измери количествено.
След това ти предлагам да групираш влияещите фактори в две групи - 1. прекурсори т.е. фактори предизвикващи появата на тумора и 2. фактори на лечението, т.е. факторите, които могат да повлияят в положителна или отрицателна посока лечението.
Втората група, например, може да се изследва с помощта на метода Дървета на Събития и да се проиграят доста голям брой варианти. Все пак 8 случая са малко за достоверен резултат. Колкото повече са наблюдаваните случаи, толкова по-точен ще ти е резултата.

[deyan_h]

До: Математик (търси се)

Няма ли да ви трябва и честота на всички тези неща и на здравата популация?