Той победи в драматично състезание, като изпревари световния шампион и свой сънародник Хорхе Лоренсо (Ямаха) с повече от 7 секунди. Тръгналият от първа позиция Кейси Стоунър (Репсол Хонда), излетя от пистата в четвъртата обиколка, но с майсторско каране и рисковани маневри съумя да се добере до третото място на подиума.
Успехът е първи за машина на Хонда на домашната писта Мотеги от 2004 година насам. Педроса спечели трети старт за сезона след победите в Португалия и Германия.
Австралиецът Стоунър продължава да води в генералното класиране. Три кръга преди края той има 300 точки. Единственият, който може да го лиши от титлата е Лоренсо, който с днешните 25 точки събра 260. Стартовете, които остават са на пистата Филип Айлънд (Австралия, 15 октомври), на Сепанг (Малайзия, 22 октомври) и във Валенсия на 5 ноември.
Класиране за Гран при на Япония
1. Дани Педроса - 42:47.481 мин
2. Хорхе Лоренсо +07.299 сек
3. Кейси Стоунър +18.380
4. Марко Симончели +23.550
5. Андреа Довициозо +23.691
6. Бен Спайс +34.604.