Той даде време от 1:46,790 минути, което е нов рекорд за една обиколка на трасето. Така Педроса си поднесе хубав подарък за 26-ия рожден ден, който беше на 29 септември.
Още двама пилоти на Репсол Хонда заеха позиции в челната тройка, което засили очакванията за първа победа на домашната писта за японския производител от 2004 година насам. Австралиецът Кейси Стоунър даде второ време с 54 хилядни от секундата по-бавно от това на испанеца. Трети е тръгналият миналата година от пол позишън италианец Андреа Довициозо.
Четвърти се нареди Марко Симончели (Гресини Хонда), а пети остана световният шампион Хорхе Лоренцо с Ямаха. Шестата позиция в тренировките е за Ники Хейдън с Дукати. Съотборникът му Валентино Роси даде осмо време.
Квалификациите за място са в събота, а състезанието за Гран при на Япония е в неделя от 8:00 часа българско време.